A vitória do Bayern combinada com o empate de 3 a 3 do Barcelona com a Inter de Milão colocou o time bávaro nas oitavas de final, enquanto o Plzen, que está no último lugar do Grupo C, foi eliminados da fase de grupos.
"É sempre bom vencer fora de casa. Temos 12 pontos em quatro jogos no grupo mais difícil e estamos nas oitavas de final", disse o técnico do Bayern, Julian Nagelsmann, a repórteres.
"Agora queremos liderar o grupo. Esta vitória nos dá a calma necessária antes do Freiburg no domingo. Esse era o nosso objetivo e conseguimos", acrescentou o técnico do Bayern.
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Os alemães, que somam um recorde de 32 partidas sem derrota na fase de grupos da competição, marcaram primeiro aos 10 minutos, quando Sadio Mané fez uma tabela com Goretzka antes de colocar a bola no fundo das redes.
Thomas Müller, que saiu no meio do primeiro tempo por precaução após dores nas costas, dobrou a vantagem dos visitantes minutos depois, quando marcou após um cruzamento de Kingsley Coman.
"As coisas apertaram um pouco nas costas dele (Müller), um nervo", disse Nagelsmann. "Não é nada importante ou sério, mas não queríamos correr riscos para o fim de semana."
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Goretzka, eleito o Jogador do Jogo, marcou dois gols para fechar o placar para o Bayern. Os alemães colocaram o Plzen na roda, executando um primeiro tempo cirúrgico e controlando 65% da posse de bola ao longo da partida.
Nagelsmann fez uma série de alterações no segundo tempo e os alemães não conseguiram manter a intensidade. Adam Vlkanova e Jan Kliment reduziram marcaram o Pzlen e reduziram a desvantagem no marcador para a equipe da casa.
O Bayern venceu todas as quatro partidas da fase de grupos e ficou em primeiro lugar com 12 pontos, seguido pela Inter de Milão com sete e pelo Barcelona com quatro. O Plzen permanece sem um ponto na competição.