Verstappen superou as McLarens do australiano Oscar Piastri, que marcou o segundo melhor tempo, e do britânico Lando Norris, terceiro.
Esta é a nona pole do holandês na temporada. O piloto da Red Bull está a caminho de levantar seu terceiro título mundial.
"Tem sido um fim de semana incrível até agora, especialmente na classificação. O carro estava muito bom de dirigir", disse Verstappen, cujo fraco desempenho no GP de Singapura, na semana passada, já parece muito distante.
A quarta posição no grid de domingo será do monegasco Charles Leclerc (Ferrari), enquanto o mexicano Sergio Pérez (Red Bull) fecha o Top 5.
O treino classificatório foi marcado pelo acidente do americano Logan Sargeant (Williams), que provocou bandeira vermelha no início do Q1.
O americano, único piloto titular que ainda não tem contrato garantido para 2024, saiu da pista na última curva e destruiu seu carro ao bater no muro de proteção.
No domingo, a Red Bull (597 pontos) terá mais uma chance de garantir o sexto título de construtores de sua história. Para conseguir isso, deve marcar pelo menos um ponto a mais que a Mercedes (289 pontos), enquanto a Ferrari (265) pode somar mais de 23 pontos.
Grid de largada do Grande Prêmio do Japão de Fórmula 1:
1. Max Verstappen (HOL/Red Bull) 1:28.877
2. Oscar Piastri (AUS/McLaren-Mercedes) 1:29.458
3. Lando Norris (GBR/McLaren-Mercedes) 1:29.493
4. Charles Leclerc (MON/Ferrari) 1:29.542
5. Sergio Pérez (MEX/Red Bull) 1:29.650
6. Carlos Sainz (ESP/Ferrari) 1:29.850
7. Lewis Hamilton (GBR/Mercedes) 1:29.908
8. George Russell (GBR/Mercedes) 1:30.219
9. Yuki Tsunoda (JPN/AlphaTauri-Red Bull) 1:30.303
10. Fernando Alonso (ESP/Aston Martin-Mercedes) 1:30.560
11. Liam Lawson (NZL/AlphaTauri-Red Bull) 1:30.508
12. Pierre Gasly (FRA/Alpine-Renault) 1:30.509
13. Alexander Albon (TAI/Williams-Mercedes) 1:30.537
14. Esteban Ocon (FRA/Alpine-Renault) 1:30.586
15. Kevin Magnussen (DIN/Haas-Ferrari) 1:30.665
16. Valtteri Bottas (FIN/Alfa Romeo-Ferrari) 1:31.049
17. Lance Stroll (CAN/Aston Martin-Mercedes) 1:31.181
18. Nico Hülkenberg (ALE/Haas-Ferrari) 1:31.299
19. Zhou Guanyu (CHN/Alfa Romeo-Ferrari) 1:31.398
20. Logan Sargeant (EUA/Williams-Mercedes)