Eta será a primeira mulher a assumir tal função desde que a Bundesliga foi fundada, há 60 anos.
A treinadora de 32 anos já fez parte da comissão técnica de várias equipes juvenis da Alemanha e foi contratada para trabalhar no sub-19 do Union no início do ano.
Ela fez carreira como jogadora do Werder Bremen, clube no qual também trabalhou como comandante do sub-15 masculino.
"Não é uma decisão consciente nomear uma mulher como assistente técnica. Também acho que isso quase desacreditaria essa decisão. Para mim, ela é uma treinadora de futebol experimentada", disse o presidente do Union, Dirk Zingler.
De acordo com o presidente Zingler, a busca por um técnico é um "processo cuidadoso" que será conduzido sem pressão de tempo, informou a imprensa alemã.
Marie-Louise Eta vai se tornar a primeira treinadora a sentar-se no banco de reservas de um time masculino da Bundesliga na partida contra o Augsburg, no próximo sábado (25).
Urs Fischer deixou o comando do Union Berlin após 5 anos e meio na segunda-feira (13) por não suportar uma sequência de 13 derrotas em 14 jogos.
A equipe é atualmente a última colocada do Campeonato Alemão.