Guiné-Bissau também se classificou no Grupo A, já que as esperanças de Serra Leoa de alcançá-la acabaram, enquanto as Ilhas de Cabo Verde se classificaram no Grupo B e Mali no Grupo G.
A Costa do Marfim, o Senegal, Argélia, Burkina Fasso, Egito, Guiné Equatorial, Marrocos, África do Sul, Tunísia e Zâmbia se juntam aos anfitriões, detentores do título, na torneio marcado para acontecer em janeiro.
O gol de Iheanacho trouxe alívio para a Nigéria, que havia deixado escapar uma vantagem de 2 a 0, cortesia de Victor Osimhen, enquanto Serra Leoa se recuperava corajosamente para empatar em 2 a 2 e esteve perto de marcar o terceiro gol.
Mas suas poucas esperanças foram encerradas com um simples toque na trave do atacante do Leicester City pouco antes do apito final.
A Guiné-Bissau, que havia vencido São Tomé e Príncipe na quarta-feira, também garantiu a classificação entre os dois primeiros colocados e a quarta participação consecutiva na Copa Africana.
Cabo Verde, que também conta com jogadores de sua população migrante em Portugal, venceu Burkina Fasso por 3 a 1 em casa e garantiu sua vaga.
O ex-meio-campista do Manchester United, Bebe, abriu o placar e os gols de João Paulo e Cle garantiram a classificação.
Mali venceu o Congo por 2 a 0 fora de casa e se classificou para o torneio pela nona vez consecutiva, com gols de Ibrahima Kone e Nene Dorgeles nos 30 minutos finais em Brazzaville.
Confira os resultado das Eliminatórias da Copa Africana de Nações
Na briga
O retorno de Pierre-Emerick Aubameyang para o Gabão foi uma tentativa de ajudar a equipe a se classificar às custas da República Democrática do Congo, mas, em vez disso, perdeu por 2 a 0 em casa.
Os gols da República Democrática do Congo foram marcados por Aaron Tshibola, nascido em Londres, e pelo atacante Fiston Mayele, que mora na Tanzânia, e agora eles lideram o Grupo I.
Gana teria se classificado no Grupo E se tivesse vencido em Madagascar, mas ficou no empate sem gols e terá de esperar pela última rodada das Eliminatórias em setembro para conquistar sua vaga.
As vitórias de Moçambique e da Tanzânia também aumentaram suas chances de chegar à final, faltando apenas um jogo da fase de grupos.
A Argélia é o único país com 100% de aproveitamento nas Eliminatórias, com cinco vitórias em cinco jogos ao derrotar Uganda por 2 a 1 fora de casa, com Mohamed El Amine Amoura marcando os dois gols e Riyad Mahrez dando uma assistência.
As duas melhores equipes de cada um dos 12 grupos das Eliminatórias se classificam para a Copa Africana de Nações. Há mais três partidas para completar a quinta rodada das Eliminatórias, que serão disputadas na terça-feira.