A decisão da FIFA veio depois dos governadores de duas províncias do arquipélago demonstrarem intenção de impedir a participação da equipe de Israel.
A Indonésia e Israel não têm relações diplomáticas e o país do sudeste asiático, que tem a maior população muçulmana do mundo, é um forte apoiante da causa palestiniana.
Um vídeo divulgado pela Federação Indonésia de Futebol mostra jogadores e o seu treinador em lágrimas depois de a FIFA ter anunciado que escolherá outro país para receber o torneio.
A equipe sub-20 da Indonésia, que se tinha qualificado como o país-sede, também corre o risco de ser excluída da competição.
"Tínhamos dedicado a nossa energia, o nosso tempo, o nosso suor e até o nosso sangue (a esta competição), mas num só momento tudo se evaporou por razões políticas", escreveu o jogador Rabbani Tasnim, de 19 anos, nas redes sociais. "Vocês destruíram o nosso grande sonho", lamentou ele.
Mensagens negativas inundaram a web na conta do Instagram do governador central de Java, Ganjar Pranowo, que tinha protestado contra a participação de Israel.
O governador de Bali, Wayan Koster, também tinha sugerido um boicote à equipe israelense, enquanto uma centena de apoiantes de grupos muçulmanos conservadores tinham protestado em Jacarta contra Israel em março.
No entanto, uma grande parte da população indonésia era a favor de acolher o torneio. "Estou muito desapontado porque era o meu sonho ver a Indonésia receber um evento mundial de futebol", lamenta Jarnawi, um torcedor de 40 anos.
A Indonésia foi o local de um dos piores desastres da história do futebol. Em outubro passado, 135 torcedoresd perderam a vida após confusão generalizada num estádio na ilha de Java.