O Flu derrotou o Boca por 2 a 1 na prorrogação e venceu a competição continental pela primeira vez.
Almirón deixa os xeneizes em 11º lugar na Copa da Liga Argentina, fora da zona da Libertadores do ano que vem.
"Jorge Almirón informou que ele e sua equipe técnica, com contrato em vigor até o final da temporada, tomaram a decisão pessoal de não continuar como treinadores", disse o Boca em comunicado.
O técnico assumiu o time argentino em abril, após a saída de Hugo Ibarra.
Em sua passagem pela Bombonera, Almirón teve 16 vitórias, 12 empates e 11 derrotas em 39 partidas (51% de aproveitamento).
Embora o Boca tenha alcançado a final continental, a fase não era boa. O treinador havia conquistado apenas duas vitórias nos últimos 16 jogos.
Mariano Herrón, técnico do time B do Boca, assume a equipe como interino.