O ex-técnico da Espanha, do Sevilla e do Real Madrid chegou ao Wolves em novembro, com o clube na zona de rebaixamento, e conseguiu levar o clube à segurança no final da temporada da Premier League.
Havia sido sugerido que Lopetegui estava insatisfeito com a falta de progresso do clube no mercado de transferências e queria que seu contrato fosse rescindido com efeito imediato.
Um comunicado do Wolves diz: "Lopetegui se juntou ao Wolves em novembro e guiou com sucesso o clube para a segurança da Premier League. No entanto, o técnico e o clube reconheceram e aceitaram suas diferenças de opinião sobre certas questões e concordaram que um fim amigável de seu contrato era a melhor solução para todas as partes.
"As conversas foram mantidas nas últimas semanas, com o máximo respeito e cordialidade, dando ao clube tempo e espaço para começar a trabalhar na busca de um sucessor, garantindo também que Julen e sua equipe pudessem continuar a preparação planejada para garantir que o time estivesse nas melhores condições possíveis para o início da temporada da Premier League.
"Lopetegui chegou com o clube na lanterna da Premier League e, a partir daí, venceu nove jogos na liga, inclusive contra o Liverpool e o Tottenham Hotspur em Molineux, o que ajudou o Old Gold a garantir a sexta campanha consecutiva na primeira divisão.
Falando como parte da mesma declaração, Lopetegui disse: "Desejo ao Wolves e a todos no clube a melhor sorte para o futuro e agradeço a oportunidade que me foi concedida de assumir o comando deste maravilhoso clube.
"Além disso, é claro, quero agradecer aos jogadores, que sempre deram o máximo para atingir nossos objetivos, e especialmente aos torcedores que me fizeram sentir como um deles desde o primeiro momento e sempre foram incríveis para mim, minha equipe e minha família."
O diretor esportivo Matt Hobbs disse: "Em nome de todos no clube, gostaria de agradecer a Julen e sua equipe pela dedicação e trabalho árduo durante o período em que estiveram no clube.
"Eles foram contratados com o objetivo principal de manter o clube na Premier League na última temporada, um objetivo que eles alcançaram com jogos de sobra."
O ex-técnico do Bournemouth, Gary O'Neil, está sendo cotado para assumir o comando do Molineux, com o Wolves pronto para iniciar sua campanha na Premier League contra o Manchester United na segunda-feira.