Ambos os jogadores estão se recuperando de lesões enquanto a Alemanha se prepara para a estreia na Copa do Mundo. Eles não treinaram com a seleção na terça-feira, e também perderão o amistoso final contra Omã na quarta-feira.
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"Thomas Müller teve uma pequena pausa, mas treinou bem em Munique e continuará a fazê-lo aqui", disse Flick em entrevista coletiva.
"Precisamos de muita qualidade nessas posições para termos sucesso. Espero que Thomas, assim como Antonio Rüdiger, comece a treinar o quanto antes. "
O meio-campista em boa forma Mario Götze (30) também ficou de fora dos treinos enquanto se recupera de uma movimentada temporada de clubes no Eintracht Frankfurt.
"A recuperação é importante. Veremos o que acontece com Mario amanhã. Ele já tem muitas lutas nas pernas nesta temporada, então somos muito cuidadosos sobre como vamos lidar com isso", disse Flick.
Os alemães, esperando compensar a surpreendente eliminação na primeira fase da Copa do Mundo de 2018, jogam contra o Japão em 23 de novembro, antes de enfrentar a Espanha quatro dias depois. Eles encerram a fase de grupos em 1º de dezembro contra a Costa Rica. Flick não espera que seu time atinja sua melhor forma na quarta-feira e pode terminar com mais jogadores descansando.
"Vamos ver quem precisa de uma pausa, quem vai jogar 45 minutos", disse ele. "Mas, para nós, trata-se de trazer todos os jogadores ao mesmo nível para estarem prontos para o Japão. Esse é o nosso plano."