Ao todo, foram 10 jogos do Flamengo no mata-mata nacional, com sete vitórias, dois empates e uma derrota. O clube contou com a chegada de Dorival Júnior nas oitavas de final para arrancar em direção ao título da competição. O treinador chega ao seu segundo título na competição, 12 anos depois da conquista com o Santos, em 2010.
Terceira fase: Flamengo x Altos-PI (4x1 no agregado)
O rubro-negro estreou na competição em Teresina contra o Altos-PI. Jogando com a equipe reserva, o Flamengo ainda comandando pelo português Paulo Sousa venceu por 2 a 1 de virada. Na volta, no estádio Raulino de Oliveira, em Volta Redonda, vitória por 2 a 0 e classificação assegurada.
Oitavas de final: Flamengo x Atlético-MG (3x2 no agregado)
A fase de oitavas de final da Copa do Brasil reservou um confronto pesado e um novo comando para o Flamengo. No primeiro jogo com Dorival Júnior na competição, derrota para o Atlético-MG no Mineirão por 2 a 1. O gol de Lázaro no fim da partida deu novo fôlego ao rubro-negro para o jogo da volta no Rio. No Maracanã, o inferno prometido por Gabigol se fez presente. Com dois gols de Arrascaeta, o Flamengo avançou e deu o seu grande sinal de virada na temporada.
Quartas de final: Flamengo x Athletico-PR (1x0 no agregado)
Depois da virada nas oitavas contra o atual campeão da competição, o chamado "time das Copas" embalou. O único jogo em que o ataque emperrou foi na ida contra o Athletico-PR, no Maracanã. Nenhuma das 22 finalizações do clube carioca foi suficiente para romper o gol paranaense, e o 0 a 0 ficou no placar.
Na volta, só um gol, mas provavelmente o gol do ano. Pedro reagiu rápido a um cruzamento de Rodinei e girou uma bicicleta no fundo da rede da Arena da Baixada. Classificação apertada para a semifinal com um golaço.
Semifinal: Flamengo x São Paulo (4x1 no agregado)
A semifinal seguiu um roteiro um pouco diferente, com o São Paulo dominando o primeiro jogo. Mesmo assim, a vitória ficou no Morumbi ficou com o Flamengo, por 3 a 1. A vantagem construída com gols de João Gomes, Gabigol e Everton foi definitiva. Na volta, no Maracanã, 1 a 0 e atuação segura para ir à final.
Final: Flamengo x Corinthians (1x1 e 6x5 nos pênaltis)
A primeira final nacional entre Flamengo e Corinthians teve dois jogos distintos. No primeiro, na Neo Química Arena, 0 a 0 em jogo com poucas chances de gol. Na volta, partida eletrizante e, com muita emoção, o time rubro-negro venceu o Corinthians por 6 a 5 na disputa de pênaltis, após empate em 1 a 1 no tempo normal. Título rubro-negro no Maracanã.