Após ser eliminada na quarta rodada do US Open, semana passada, Swiatek havia dito que precisava de um descanso.
Com a derrota para Jelena Ostapenko no Grand Slam, a polonesa perdeu o posto de número 1 do mundo para Aryna Sabalenka, da Bielorrússia.
"Infelizmente, preciso me retirar do torneio em Guadalajara devido a uma mudança na programação", publicou Swiatek no Twitter.
"Preciso ouvir meu corpo e a temporada é muito intensa - nossa prioridade número um é jogá-la até o fim com boa saúde e planejá-la com sabedoria para não corrermos o risco de nos lesionarmos", acrescentou ela.
Swiatek disse que voltará às quadras no WTA de Tóquio, no início do próximo mês.
O Aberto de Guadalajara acontece de 17 a 23 de setembro e ainda contatá com a campeã do US Open, Coco Gauff, a atual campeã Jessica Pegula, a vice-campeã Maria Sakkari, e Ons Jabeur, sétima do ranking mundial.