"Ainda estão lidando com algumas coisas em meu joelho, e tenho que me dar a melhor oportunidade para competir em Wimbledon", disse o australiano após desistir de Halle.
O tenista de 28 anos, que perdeu a final do Grand Slam britânico do ano passado para Novak Djokovic, passou por uma cirurgia para reparar uma lesão no menisco do joelho esquerdo em janeiro.
No início de junho, Kyrgios reclamou da restrição de movimentos após sua derrota para Wu Yibing em Stuttgart.
"Sinto meu joelho a cada ponto. Não consigo andar sem dor", disse Kyrgios durante a partida.
Nick Kyrgios, 31º do mundo, enfrentaria o italiano Lorenzo Sonego na manhã de terça-feira (20) na primeira rodada do torneio de Halle.
Seu lugar será ocupado pelo russo Aslan Karatsev, 45º do ranking.